ヘッダーロゴは PC 用とモバイル用が別々の設定です。「デザインカスタム」の ヘッダーロゴ (モバイル) が未設定だとスマホでは何も表示されないため、必ず PC・モバイルの両方に画像を登録してください。フッターロゴも同様です。

設定手順は https://ultra-create.com/manual/guide/design-color/ をご覧ください。