グラデーションは「背景」として使われる場所にしか適用できません。メインカラーは文字色や飾り線の色としても使われているため、グラデーションにするとその箇所では色が効かなくなることがあります。

表示が崩れた場合は「デザインカスタム」でメインカラーの グラデーションを使用 のチェックを外し、単色に戻してください。詳しくは https://ultra-create.com/manual/guide/design-color/ をご覧ください。